密码子的偏好性是指不同生物在翻译过程中对简并密码子的使用频率存在差异，而在进化的过程中形成了一套与其相适应的常用密码子。蛋白质在翻译的过程中，是由tRNA转运氨基酸至核糖体中，mRNA中的三联体密码决定氨基酸序列（图1）。由于密码子存在简并性，因此同一种氨基酸可以由多个密码子编码。这意味着有61种可能的tRNA，而在生物体中都表达61种tRNA的可能性不高，并且每种tRNA的表达丰度也会存在差异。那当外源基因的密码子所对应的tRNA在宿主细胞中的表达量低时，则会影响它的翻译效率。
肽链的合成过程（Image from Mariana Ruiz Villarreal）
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