退还工程保证金应由承包人向发包人申请，发包人按照合同核实后，在缺陷责任保证期内，承包人确实认真保证工程的质量，履行合同义务的，缺陷责任期到后经承包人申请及时退还保证金。
一、工程合同的有效期是多长时间
按照《建设工程质量管理条例》第40条的规定，建设工程的保修期，自竣工验收合格之日起计算。按照《建设工程质量保证金管理暂行办法》第5条规定：缺陷责任期从工程通过竣(交)工验收之日起计。由于承包人原因导致工程无法按规定期限进行竣(交)工验收的，缺陷责任期从实际通过竣(交)工验收之日起计。由于发包人原因导致工程无法按规定期限进行竣(交)工验收的，在承包人提交竣(交)工验收报告90天后，工程自动进入缺陷责任期。根据以上的规定可知：1、在工程正常竣工验收合格的情况下，保修期和质保期的起算时间一致。2、如工程不能正常验收，则质保期按照《建设工程质量保证金管理暂行办法》第5条规定起算即可，但保修期的起算时间法律并无明文规定。笔者认为，此种情况下应参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第14条的规定来推定为宜：（1）如果承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期，保修日从该日起算。（2）如果建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日，保修期从转移占有之日起起算。（3）如果因承包人原因导致建设工程无法完成竣工验收的，则保修期不能起算。
二、保修期和缺陷责任期的起算时间
保修期的起算日期从业主工程师发给工程竣工证书之日算起；缺陷责任期从工程通过竣（交）工验收之日起计算；由于发包人原因导致工程无法按规定期限进行竣（交）工验收的，在承包人提交竣（交）工验收报告90天后，工程自动进入缺陷责任期。
三、房屋质量保修金的法律规定是什么
关于房屋质量保修金的法律规定，主要为《建设工程质量保证金管理暂行办法》相关内容。具体的法条如下：第二条第一款规定，本办法所称建设工程质量保证金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。第七条规定，发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。
【本文关联的相关法律依据】
《建设工程质量保证金管理办法》第十条
缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
《建设工程质量保证金管理办法》第十一条
发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14天内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当按照约定将保证金返还给承包人。对返还期限没有约定或者约定不明确的，发包人应当在核实后14天内将保证金返还承包人，逾期未返还的，依法承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14天内不予答复，经催告后14天内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。
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