根据中国税法规定，企业在申请核定扣除后，仍然可以使用增值税专用发票进行抵扣。核定扣除是指企业根据实际情况，经税务部门核定后确定的可抵扣进项税额的一种方式。企业在核定扣除后，可以继续按照正常程序使用增值税专用发票进行抵扣，以抵扣其应纳税额。
需要注意的是，核定扣除后的抵扣范围和限额可能会有所调整。具体的抵扣范围和限额，需要根据税务部门的规定和核定结果来确定。企业在使用增值税专用发票进行抵扣时，应根据核定扣除的结果和相关规定进行操作，确保抵扣的合规性和准确性。
此外，企业在使用增值税专用发票进行抵扣时，还需要遵守相关的抵扣条件和程序，如发票的真实性、合规性、与企业业务的相关性等。税务部门会对企业的抵扣行为进行审查和核实，确保抵扣的合法性和准确性。
【法律依据】：
《增值税暂行条例》第九条
纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产；取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
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