法律分析:
农村土地使用证变更登记按照以下程序办理：
1、申请人提出变更申请并提交相关变更登记的相关资料；
2、土地相关部门进行审核，对符合条件的，准予变更；
3、进行变更登记，领取新的使用证。农村土地使用证和房产证的不同：房产证可证明房屋的所有权，而土地使用证是公民拥有土地使用权的法律凭证。此外，房产证由房产管理局下发，而土地使用证由国土资源局下发。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
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