员工可以向职业病诊断机构所在地设区的市级卫生行政部门申请鉴定。
《职业病诊断与鉴定管理办法》
第三十六条
当事人对职业病诊断机构作出的职业病诊断结论有异议的，可以在接到职业病诊断证明书之日起三十日内，向职业病诊断机构所在地设区的市级卫生行政部门申请鉴定。
设区的市级职业病诊断鉴定委员会负责职业病诊断争议的首次鉴定。
当事人对设区的市级职业病鉴定结论不服的，可以在接到鉴定书之日起十五日内，向原鉴定组织所在地省级卫生行政部门申请再鉴定。
职业病鉴定实行两级鉴定制，省级职业病鉴定结论为最终鉴定。
第三十七条卫生行政部门可以指定办事机构，具体承担职业病鉴定的组织和日常性工作。职业病鉴定办事机构的职责是：
(一)接受当事人申请；
(二)组织当事人或者接受当事人委托抽取职业病鉴定专家；
(三)组织职业病鉴定会议，负责会议记录、职业病鉴定相关文书的收发及其他事务性工作；
(四)建立并管理职业病鉴定档案；
(五)承担卫生行政部门委托的有关职业病鉴定的其他工作。
职业病诊断机构不能作为职业病鉴定办事机构。
第三十八条设区的市级以上地方卫生行政部门应当向社会公布本行政区域内依法承担职业病鉴定工作的办事机构的名称、工作时间、地点和鉴定工作程序。
一、职业病鉴定需要多长时间？
职业病鉴定一般需要60天。
《职业病诊断与鉴定管理办法》
第四十五条
职业病鉴定办事机构应当自收到申请资料之日起五个工作日内完成资料审核，对资料齐全的发给受理通知书；资料不全的，应当书面通知当事人补充。资料补充齐全的，应当受理申请并组织鉴定。
职业病鉴定办事机构收到当事人鉴定申请之后，根据需要可以向原职业病诊断机构或者首次职业病鉴定的办事机构调阅有关的诊断、鉴定资料。原职业病诊断机构或者首次
职业病鉴定办事机构应当在接到通知之日起十五日内提交。
职业病鉴定办事机构应当在受理鉴定申请之日起六十日内组织鉴定、形成鉴定结论，并在鉴定结论形成后十五日内出具职业病鉴定书。
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