1、颜色不同：青柠檬是柠檬家族中一个独立的品种，从挂果一直到成熟，表皮都是青色的比较光滑；黄柠檬是刚刚挂果时是青色的，表皮上有比较细致的纹理，成熟后外皮则变成金黄色，果肉也呈浅金黄色。有些不良商贩把不熟的黄柠檬冒充青柠檬，放一段时间就会原形毕露，原来的青色变成了黄色，记住青柠檬是不会变色的。
2、味道不同：青柠檬的香味比较清淡高雅，青柠檬成熟后果肉要比黄柠檬酸，而且回味略微带有苦涩感；黄柠檬的香味比较浓郁，果肉成熟后味道偏酸。
3、用途不同：青柠檬的果汁比黄柠檬的多，皮也比黄柠檬要薄最适合榨汁或做成酸味浓郁的果汁。喜欢酸涩口味的人也可以选用青柠檬泡茶；黄柠檬在烹调过程中多用于西餐，用来搭配海鲜起到去腥味、增鲜香的作用，也可以榨成柠檬汁或者切片泡水饮用，有很好的解腻作用。
4、营养成分不同：青柠檬和黄柠檬虽然有很大的区别，但是就营养成分而言，二者非常的接近，可以说基本相同，只是青柠檬中的柠檬酸和维生素C含量稍高。