商住两用房的产权一般只有40年或50年，根据《物权法》相关规定：住宅建设用地使用权期满后，自动续期。而“非住宅建设用地土地使用权”，不能自动续期。所以相对于普通住宅，商住两用房的隐性成本其实很高。
商住两用房可以注册公司，可居住可办公，不限购，不算首套房，环境好，鼓励年轻人创业，适应城市发展趋势。
商住两用房不能户口落户、没有学区派位。
商住两用房如按公建用途规定，水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。
购买商住两用房大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭。
如果是140平方米以下普通住宅楼只需交1.5%的契税(2008年11月1日后对个人首次购买90平方米以下普通住房的，契税税率暂调整为1%)，但如果是商务办公房就要交3%的契税再加上5%的综合税，交易增值部分还要交20%的增值税、按揭贷款比例、年限。目前住宅按揭贷款高可达8成30年，但对商务办公房一般高只有6成10年。