首先是拆迁征收的流程不一样，小产权房主要是农村集体土地上的房屋，所以在拆迁时应当按照集体土地征收的流程办理，由当地市、县级政府组织发布相关材料并报省政府或者国务院批准，获得批准后由市、县级国土部门拟订补偿安置方案交由市、县级政府批准实施。
大产权房则由征收部门组织相关部门确定征收范围、拟定征收补偿方案并论证、听证，落实征收补偿费用。
其次大产权房和小产权房在征收补偿方面也存在不同。
小产权房的上市交易受到国家严格限制，所以购买的小产权房由于合同效力以及产权变动存在缺陷的，在遇到拆迁时，补偿会存在较高风险，一方面小产权房的购买人虽热是实际居住人，但是却难以获得人员安置资格;另一方面一旦原房主在拆迁时反悔，主张买卖合同无效，小产权房的购买人可能承担合同无效的风险，此时拆迁补偿款需要在购买人与原房主之间根据过错程度进行分配，小产权房的购买人经过分配在拆迁中有可能只能获得搬迁、装饰装修补偿等部分。大产权房由于可以在自由买卖流通，无论是交易还是权属登记都更有保障，在征收时对房屋只需依照法律规定进行登记和评估，就能够过得相应的拆迁补偿，并给予搬迁费，停产停业损失等费用。
由此可见，小产权房在征收拆迁时，被拆迁人往往面临许多纠纷难以解决，所以在拆迁之时，小产权房的被征收人要尽早咨询经验丰富的律师，避免自己处于劣势。